لقد كان لتطبيقات البيوتكنولوجيا في مجال رسم الخرائط للصبغيات الأثر الكبير في تحديد ومعرفة الأصول النقية للحيوانات المختلفة، وتحديد مراكز الصفات الوراثية المرغوب والغير مرغوب فيها، لكي يتمكن المهتمون بتربية الحيوان من معرفة التنوع البيولوجي للحيوانات الأصيلة، وأيضاً حفظ هذه الأنواع وعدم اختلاطها، وأيضاً معرفة المراكز الوراثية وكيفية عملها سواء في الحيوانات المزرعية والدواجن.
والجدير بالذكر أنه بمعرفة خرائط الصبغيات لأي حيوان فإنه بالإمكان تغيير هذه المراكز الوراثية، أو يمكن تحميل بعضاً من الصفات الجيدة عليها لتحسين الأداء الإنتاجي لهذه الحيوانات.
ويمكن أيضاً استئصال المراكز الوراثية الرديئة بها واستبدالها بمراكز أخرى جيدة أو مرغوبة.
ويعتقد العلماء أنه في المستقبل القريب يمكن تطبيق التقنيات الحيوية الجديدة لإنتاج سلالات حيوانية ذات صفات مرغوبة، مثل سرعة النمو، وزيادة الإنتاج، وذلك عن طريق اختصار الوقت الذي كان يهدر في التزاوج التقليدي، فأصبح من المستطاع إنتاج سلالات من الأغنام، والأبقار، والدجاج ، والدجاج الرومي، وغيرها من الحيوانات، تنتج بحيث يصل حجمها إلى الحجم المرغوب فيه في فترة زمنية قصيرة جداً بالنسبة للطرق التقليدية القديمة في تربية الحيوان.
وأيضاً أصبح في الإمكان إنتاج حيوانات لحومها ذات طراوة عالية وقليلة الدهن عن طريق استخدام تقنية الهندسة الوراثية، وعدم استخدام المحظور من الهرمونات والكيماويات.