إحدى المخاوف البيئية تتمثل فى إنتاج الأعشاب بالصدفة، ولكن هذا مردود عليه؛ حيث إن الصفة العشبية في النباتات هى نتيجة فعل جينات عديدة تعمل معاً؛ وبالتالى لا يحتمل أن تنتج بدون قصد.
كذلك الخوف من انتقال بعض الجينات للأعشاب مثل مقاومة مبيدات الحشائش والحشرات، وقد ثبت أن هذا ليس قاصراً على نباتات الهندسة الوراثية بل إنه قد يحدث أيضاً فى النباتات غير المعدلة وراثياً، هذا بالإضافة إلى أنه تم وضع إستراتيجية لمنع انتقال الجينات للأقارب العشبية.
كما أن انتقال الجينات للكائنات الدقيقة فى التربة -وهو أحد المخاوف البيئية المثارة أيضاً، والتى قد تؤدى إلى تغيير الفلورا الميكروبية- أثبتت الدراسات الحديثة أن هذا الانتقال لا يحدث؛ وإذا حدث يكون بمعدلات قليلة جداً.
حيث إن نقل الجينات إلى النباتات يستلزم استخدام الناقل الوراثي أو ما يعرف باسم البلازميد (وهي أجسام من الحمض النووى تسبح فى سيتوبلازم الخلية بوصفها عوامل ناقلة للمادة الوراثية).
ويحتوي البلازميد بالإضافة إلى الجين المرغوب نقله على جينات أخرى مقاومة للمضادات الحيوية مثل: جين مقاومة الأمبسلين، والكاناميسن، وجين لمتابعة كفاءة عمل الجين المرغوب.
وقد أثارت جينات مقاومة المضادات الحيوية مخاوف من انتقالها إلى أمعاء الإنسان بعد تناوله النباتات المعدلة وراثياً.
مما يؤدى إلى أن تصبح البكتريا الموجودة فى معدة وأمعاء الإنسان مقاومة للمضادات الحيوية، والآثار المترتبة على ذلك هي فشل المضادات الحيوية التى يصفها الطبيب فى علاج الأمراض التي قد تصيب الإنسان، مما يستدعي البحث عن جيل آخر من المضادات الحيوية، وهي عملية شاقة تستغرق وقتاً وجهداً وأموالاً طائلة.
ومن المخاوف المثارة أيضاً أنه حتى وإن لم يتناول الإنسان النباتات المعدلة، فهو لا يزال عرضة لدخول هذه الجينات إلى جسمه وغذائه، وذلك عن طريق استنشاق حبوب اللقاح الناتجة من هذه النباتات، أو تناول لحوم ومنتجات الحيوانات التي استنشقت حبوب اللقاح المحملة بالجينات أو تناول عسل النحل الملوث بحبوب اللقاح المحملة بالجينات، والذي تنقله شغالة النحل من أزهار النباتات المعدلة وراثياً إلى خلايا العسل.
أي أننا سوف نكون محاصرين بما يسمى بالتلوث الجيني.