تختلف الأعراض التي قد تظهر على الطفل المصاب بمرض خلقي في القلب حسب نوع المرض.
ولكن بشكل عام فإن أشهر الأعراض التي تظهر على كثير من الأطفال هو ضعف الرضاعة مع تعرق الجبين والتعب لأي مجهود خاصة عند الرضاعة.
وإذا استمرت هذه الأعراض من دون علاج فإنها تؤثر عكسيا على وزن الطفل و تؤدي إلى ضعف البنية و النحافة.
كما قد تظهر الأعراض على الجهاز التنفسي خاصة الرئتين فقد يلاحظ الوالدين سرعة تنفس الطفل مع بروز ورجفان القلب خلال ضلوع الصدر مع كثرة الالتهابات الرئوية بشكل عام.
أما في حالة الأمراض التي تسبب ازرقاق البشرة فان من أهم الأعراض هو بالطبع ازرقاق الأصابع والشفتين واللسان.
وفي المقابل فقد لا تظهر أي أعراض على الطفل.
وفي المقابل فقد لا تظهر أي أعراض على الطفل.
ويُكتشف المرض بعد أن يسمع الطبيب صوتا في الصدر يسمى بالخرير أو اللغط في القلب عند فحص الطفل لأي سبب من الأسباب.
كما قد تظهر الأعراض بشكل شديد أو مفاجئ في بعض الأنواع نتيجة لحدوث هبوط حاد في وظائف القلب (هبوط القلب) أو بسبب عدم قدرة القلب على ضخ الدم إلى أعضاء الجسم نتيجة لانسداد في احد الشرايين، كانسداد أو تضيق الشريان الأورطى الحاد أو انقلاب في الشرايين الكبيرة على سبيل المثال.